从古至今，人类遭遇了无数的瘟疫，其中有些瘟疫特别严重，对人类后代的影响特别大。
黑死病(1347 - 1351)
黑死病在人类历史上是最致命的瘟疫之一。普遍认为是由一种名为鼠疫的细菌造成的。但最近有人认为是由其它一些疾病引起的。关于鼠疫的起源在专家中引起了广泛的争议。一些历史学家认为黑死病开始于十四世纪二、三十年代的中国或中亚。在随后的数年内由商人和士兵携带到俄罗斯南部克里米亚。在十四世纪四十年代，流行病从克里米亚传到西欧和北非。黑死病造成全世界死亡人数高达7500万，其中欧洲的死亡人数为2500万到5000万。黑死病的一种症状，就是患者的皮肤上会出现许多黑斑，所以这种特殊瘟疫被人们叫做“黑死病”。对于那些感染上该病的患者来说，痛苦的死去几乎是无法避免的，没有任何治愈的可能。
引起瘟疫的病菌是由藏在黑鼠皮毛内的蚤携带来的。在14世纪，黑鼠的数量很多。一旦该病发生，便会迅速扩散。在1348~1350年间，总共有2500万欧洲人死于黑死病。但是，这次流行并没有到此为止。以以后的40年中，它又一再发生。
14世纪20年代当此瘟疫细菌再次爆发之前，它已经在亚洲戈壁沙漠中潜伏了数百年，之后迅速随老鼠身上的跳蚤中的血液四处传播，从中国沿着商队贸易路线传到中亚和土耳其，然后由船舶带到意大利，进入欧洲。欧洲密集的人口成了此疾病的火药筒。3年里，黑死病蹂躏整个欧洲大陆，再传播到俄罗斯，导致俄罗斯近三分之一至一半的人口死亡。
美洲瘟疫(16世纪)
欧洲人到来之前，这里居住着400万到500万的原住民，其中大多数都在16世纪几十年间死去，有历史学家甚至称它为“人类史上最大的种族屠杀”。不过，夺取印第安人生命的最直接杀手不是欧洲人的枪炮，而是他们所带来的瘟疫。当哥伦布抵达新大陆时，欧洲人就已经经历了多次致命传染病的浩劫，也从中找到了治疗一些传染病的方法。但是，美洲之前长期与欧亚非大陆隔离，印第安人也几乎与这些疾病完全隔绝。欧洲人的疾病随着哥伦布的第一次美洲之旅后开始蔓延到新大陆。腮腺炎、麻疹、天花、霍乱、淋病和黄热病等，这些早已被欧洲人适应的疾病对印第安人来说却极具杀伤力，因为他们的免疫系统几乎缺乏抵抗力，尤其是麻疹和天花。因此阿兹特克人等中美洲原住民即使拥有欧洲人攻不破的城墙，但却被外来的瘟疫打败。瘟疫摧毁了阿兹特克。1521年，当墨西哥殖民者的军队开始围攻墨西哥原住民阿兹特克人的堡垒时，他们遇到了顽强的抵抗，进攻一次次被击退。受到重创的西班牙人原以为阿兹特克人会趁机发动致命反击，但是城堡里的军队却迟迟不见有什么动作。这给了西班牙人喘息的时间，8月21日，他们发动了新的攻势，却并没有遇到任何反抗。而城堡里的情形让他们自己也难以置信：死尸遍地，到处弥漫着腐尸的气味，比西班牙军队更致命的力量已经横扫过这个城市，那就是瘟疫。
有人曾经认为，是落后的武器和技术让美洲印第安人败给西方殖民者。因为在传统观念中，欧洲人的先进武器一直是他们获胜的关键，但是当时的西方火枪并不先进。印第安人很快发现，虽然火枪威力巨大，但要瞄准却不容易，他们对于新武器的畏惧感也随之消失。而且印第安人弓箭的远程威力也并不逊色。在15世纪时候，拉美印加文化就已经达到了鼎盛，他们修建田地，社会分工明确，造就了繁荣的经济，他们的天文地理知识足以让现代人惊叹。然而，就这这样一场瘟疫却让这样一个并不落后的种族在短短几十年间濒临灭绝。
实际上，欧洲传染病的蔓延速度完全超过了殖民者向美洲大陆的推进速度，那些从海岸居民口中得知欧洲人到来的印第安人，多半也同时被感染上了新的疾病。因此，当殖民者在16世纪20年代抵达智利时，这里的印加文明已经遭遇上了天花的重创，整个王室几乎都被瘟疫夺去了生命。而新的王位之争将整个国家一分为二，这才使得西班牙人有可乘之机。
对疾病的抵抗力也是当时瘟疫导致盛行的原因。传染疾病菌多从动物身上变异而来，先传染给人，然后才在人类群体中传播。由于欧洲农业历史悠久，家畜众多，在几千年来与病菌的频繁接触已经形成适应性;印第安人则不是，农业的欠发达让他们先天缺乏和家畜接触的经验，肌体很少遭遇此类病菌，也就全然没有免疫力，所以在天花面前溃不成军。而非洲人由于较早和欧洲人接触，也拥有相似的免疫系统和抵抗力。而疾病的传播也可以是双向的。当时，唯一一种从美洲传入欧洲的疾病是梅毒，它夺走了大量的欧洲人的生命。
第三次鼠疫大流行(1885-1950s)
第三次鼠疫大流行是指1855年始于中国云南省的一场重大鼠疫。这次世界性大流行以传播速度快、传播范围广超过了前两次而出名。这场鼠疫蔓延到所有有人居住的大陆，先从云南传入贵州、广州、香港、福州、厦门等地后，这些地方死亡人数就达10万多人。中国南方的鼠疫还迅速蔓延到印度，1900年传到美国旧金山，也波及到欧洲和非洲，在10 年期间就传到77个港口的60多个国家。单在印度和中国，就有超过1200万人的人死于这场鼠疫。据世界卫生组织透露，这次大游行一直延延续到1959年，这时全世界因鼠疫而死亡的人数减少到了200个左右。这次流行的特点是疫区多分布在沿海城市及其附近人口稠密的居民区，家养动物中也有流行。几乎所有的中外学者都一致认为第三次世界鼠疫大流行起源于云南，并认为云南是一个古老的家鼠鼠疫疫源地，但又都断言云南不存在鼠疫自然疫源地，并认为云南的鼠疫是输入性的。即从印度和缅甸直接或辗转传入的。然而，1974年，云南鼠疫工作者从云南剑川县的中华姬鼠中分离出鼠疫菌，证实了滇西存在着鼠疫自然疫源地，学者们称为滇西纵谷大绒鼠齐氏鼠疫源地，这为第三次鼠疫大流行提供了进一步的的科学根据。
现在，鼠疫已非常罕见，但并不没有完全消失，因为它仍然会在鼠类之中传播，一有机会还会传播给人。在20世纪80年代，非洲、亚洲和南美洲每年都有发生鼠疫的报道。1996年印度爆发的鼠疫还成了世界性的重大新闻。目前，每年大约有1000到2000人感染鼠疫。即使在美国，平均每年也会有10多人从野外鼠类感染鼠疫，1/7的患者死亡。尽管鼠疫已非不治之症，也容易控制，但是历史惨剧在人们心中留下的阴影却难以消除，它仍然被许多人视为最恐怖的疾病。
伦敦大瘟疫(1665-1666)
伦敦大瘟疫是指一场于1665年到1666年发生在英格兰的大规模瘟疫。在这场瘟疫中，有七万五千到十万人丧生，超过当时伦敦总人口的五分之一。它在历史上被确定为淋巴腺鼠疫(bubonic plague)引起的大面积黑死病，由人通过跳蚤感染了鼠疫耶尔森菌 。1665年这场传染病是淋巴腺鼠疫在英格兰的最后一次大规模爆发。瘟疫的来源有两种说法。一种说来自法国，1665年4月，两个法国海员昏倒在伦敦西区特鲁里街与朗埃克路口，后来他们身上携带的病毒引起了大范围的传染。另一种说法是说鼠疫病毒来自荷兰，这种疾病自1599年起就在荷兰当地传播了。瘟疫袭击的第一个地区是伦敦的圣吉尔斯教区。1664年底至1665年初的冬天，就已经有病例在那里出现，但直到1665年开春，由于人口的大量增加和卫生条件的急剧恶化，疾病才大规模迅速地传播开来。到了1665年7月，瘟疫已经遍布伦敦城。当时的国王查尔斯二世以及他的家人都被迫离开了伦敦前往牛津郡，但市长和参事仍在坚守岗位。而一部分神职人员、医生和药剂师也因此忙碌了整个夏天。满大街都是负责瘟疫的医生，虽然他们当中很多人都没有执照。
由于这场瘟疫的蔓延非常之快，人们不得不将患病者所住的房子都连人封死，在紧闭的大门外漆上红十字，上面写上“上帝保佑”的字样，严禁任何人出入。每天只是在限定的时间，由专人从窗口送进食物和水。成千上万的病人就是在这种恶劣的情况下凄惨地死去，最多时一周死去的就不下万人。时至9月上旬，原来熙熙攘攘的伦敦城竟然完全变成了一座寂静的死城。所有的店铺关了门，街上几乎看不到行人，路旁长满了茂盛的杂草。城内唯一能够不时打破沉寂的工作，便是运送尸体。每到夜晚，运尸车“咕隆，咕隆!”的车轮声和那哀婉的车铃声，让人听了毛骨悚然。最初，这项掩埋工作只是在深夜进行，后来死者人数太多了，不得已也在昼夜进行了。死者的尸体被横七竖八地装到运尸车，运到各处的埋尸坑。在那里，负责埋尸的工人们往往蒙面捂嘴，摇着铃，口中念着：“安息吧!”匆匆把尸体倒入坑内，掩上薄土后，匆忙离开。
记录显示伦敦的死亡人数从每周1000-2000人持续上升，到1665年九月，平均每周已经有7000人死亡。到深秋时候，状况得到了一定程度的控制。到1666年二月，城市被认为安全到可以迎接国王了。而同时，由于与欧洲大陆的商贸交流，瘟疫传到了法国。此后直到1666年九月，瘟疫仍在温和的流行。9月2日和3日，伦敦城遭遇了一场大火，烧毁了大部分遭到感染了的房屋，这是状况好转的开端。另一个可能的原因是，大部分被感染的人群都已经死亡了。此后伦敦城在大火的基础上重建，在这场瘟疫过后又获得了的新生。
米兰大瘟疫(1629–1631)
1629年至1631年，意大利爆发了一系列的鼠疫，通常称为米兰大瘟疫。包括伦巴和威尼斯，此次瘟疫造成大约28万人死亡。米兰大瘟疫是黑死病开始后的所有流行性瘟疫中的最后一次大瘟疫。1629年，德国和法国士兵将传染病带到意大利曼图亚。在三十年战争中，威尼斯军队感染了疾病，当他们撤退到意大利中北部时，将疾病传染给了当地人。当时米兰总人口为13万，在这次瘟疫中染病而死的人数高达6万人。
古罗马“安东尼瘟疫”(公元164—180年)
古罗马“安东尼瘟疫”是因为传染而引起的。据史书描述得此传染病的症状为：剧烈腹泻，呕吐，喉咙肿痛，溃烂，高烧热得烫手，手脚溃烂或是生了坏疽，感到难以忍受的口渴，皮肤化脓。在近东打战士兵回到罗马帝国，带来了天花和麻疹，传染给了安东尼的人们。传染病夺走了两位罗马帝王的生命。第一位是维鲁斯(Lucius Verus)，于169年染病而死，第二位是他的继承人马可·奥勒略·安东尼(Marcus Aurelius Antoninus)，做帝王做到180年，也因被传染难逃厄运。
9年后瘟疫再次爆发。 据罗马史学家迪奥卡称，当时罗马一天就有2千人因染病而死，相当于被传染人数的四分之一。估计总死亡人数高达5百万。在有些地方，瘟疫造成总人口的三分之一死亡，大大削弱了罗马兵力。
瘟疫对罗马帝国的社会和政治也有着极大的影响，特别是对文学好艺术领域的影响。上面这幅图上的坑里的遗骸就是传染病死者的尸骨，让人触目惊心。
当时正处于伯罗奔尼撒战争的第二年，正当雅典胜利垂手可得时。据说鼠疫由比雷埃夫斯传入雅典，比雷埃夫斯是雅典的港口城市，也是主要的食物和日用品来源地。斯巴达和地中海东部一些地方也受到疾病的袭击。
此瘟疫曾于公元前429年和427年冬天两次死灰复燃。现代历史学家不同意鼠疫是雅典在伯罗奔尼撒战争中失败的原因的说法。然而，人们普遍认为，战争的失败为马其顿的胜利铺平了道路，最终，建立了罗马帝国。据史料记载，此次瘟疫以多种形式爆发，包括伤寒，天花，麻疹，以及中毒性休克综合征等。
莫斯科黑死病(1971年)
莫斯科最初出现鼠疫迹象是在1770年底，到1771年春季变成流行性大瘟疫。当时政府采取了一系列措施，譬如设立隔离区，销毁被污染的财产，关闭公共浴池等。此次大瘟疫造成市民的极度恐慌和愤怒。整座城市的经济陷入瘫痪，主要是因为许多工厂，市场，商店，和行政大楼已被关闭。接下来是粮食严重短缺，造成大部分莫斯科人的生活水平日益低下。为逃避瘟疫，贵族阶级和有钱人纷纷离开莫斯科。1771年9月17日早晨，大约1000人再次聚集在Spasskiye门口，要求释放被俘的反政府武装分子和消除隔离。军队试图驱散人群，但无法驱散，最终只能再次镇压暴乱。大约300人被监禁。9月26日，卡拉辛奥尔洛夫(Grigory Orlov) 手下的一名政府官员被派往莫斯科恢复社会次序。为减轻瘟疫带来的影响，政府采取了一些措施，比如为市民提供工作机会，发放食物给他们，最终平息了莫斯科民众的不满情绪。
查士丁尼瘟疫(541-542)
查士丁尼瘟疫是指公元541到542年地中海世界爆发的第一次大规模鼠疫，它造成的损失极为严重。但是此次瘟疫对拜占庭帝国的破坏程度很深，其极高的死亡率使拜占庭帝国人口下降明显，劳动力和兵力锐减，正常生活秩序受到严重破坏，还产生了深远的社会负面后果，而且对拜占庭帝国、地中海、欧洲的历史发展都产生了深远影响。公元4世纪以后，曾经盛极一时的罗马帝国渐渐分裂为东西两部分。雄距东部的拜占庭帝国的历代皇帝一向以罗马帝国的正统继承人自居，所以一直试图收复失地，重新统一罗马帝国，再现往日的辉煌。到公元6世纪时，拜占庭帝国的皇帝查士丁尼决定采取行动实现这一梦想。于是，查士丁尼于公元533年发动了对西地中海世界的征服战争。然而就在他横扫北非、征服意大利，即将重现罗马帝国辉煌的时候，一场空前规模的瘟疫却不期而至，使东罗马帝国的中兴之梦变为泡影。公元541年，鼠疫开始在东罗马帝国属地中的埃及爆发，接着便迅速传播到了首都君士坦丁堡及其它地区。
当时出现了许多诡异恐怖的情景：当人们正在相互交谈时，便不能自主地开始摇晃,然后就倒在地上;人们买东西时，站在那儿谈话或者数零钱时，死亡也会不期而至。而最早感染鼠疫的是那些睡在大街上的贫苦人，鼠疫最严重的时候，一天就有5000到7000人，甚至上万人不幸死去。
官员在极度恐惧中不得不向查士丁尼汇报，死亡人数很快突破了23万人，已经找不到足够的埋葬地，尸体不得不被堆在街上，整个城市散发着尸臭味。查士丁尼自己也险些感染瘟疫，在恐惧之中，他下令修建很多巨大的能够埋葬上万具尸体的大墓，并以重金招募工人来挖坑掩埋死者，以阻断瘟疫的进一步扩散。于是，大量的尸体不论男女、贵贱和长幼，覆压了近百层埋葬在了一起。鼠疫使君士坦丁堡40%的城市的居民死亡。它还继续肆虐了半个世纪，直到1/4的罗马人口死于鼠疫。这次鼠疫引起的饥荒和内乱，彻底粉碎了查士丁尼的雄心，也使东罗马帝国元气大伤，走向崩溃。
雅典鼠疫(公元前430–前427)
公元前430到前427年，雅典发生大瘟疫，近1/2人口死亡，整个雅典几乎被摧毁。有专家认为此疫即鼠疫。雅典鼠疫是一场毁灭性的传染病，袭击了整座古希腊罗马城。希腊史学家修昔底德对这场毁灭雅典的瘟疫的进行了这样的描述。“身强体健的人们突然被剧烈的高烧所袭击，眼睛发红仿佛喷射出火焰，喉咙或舌头开始充血并散发出不自然的恶臭，伴随呕吐和腹泻而来的是可怕的干渴，这时患病者的身体疼痛发炎并转成溃疡，无法入睡或忍受床榻的触碰，有些病人裸着身体在街上游荡，寻找水喝直到倒地而死。甚至狗也死于此病，吃了躺得到处都是的人尸的乌鸦和大雕也死了，存活下来的人不是没了指头、脚趾、眼睛，就是丧失了记忆。”
马赛大瘟疫(1720 – 1722)
1720年，马赛遭逢瘟疫侵袭，这是该市有史以来最严重的一次灾难，也是18世纪初欧洲最严重的瘟疫之一。1720年，法国马赛突发瘟疫，影响了整座城市和周边城市，造成10万人死亡。这场瘟疫来得快，去得也快，马赛很快从瘟疫中恢复过来。经济只用了短短的几年就恢复了，并发展很快，贸易扩展到西印度群岛和拉丁美洲。截至1765年，人口增长恢复到1720年之前的水平。这场瘟疫不像14世纪发生的黑死病破坏性那么大。
这场瘟疫结束得快与法国政府采取的强硬措施不无有关。政府规定如马赛市民与普罗旺斯和其它地方的人有任何来往或沟通将会被处以死刑。为加强隔离，还建立了瘟疫隔离墙。
